El objetivo general del curso es introducir al alumno a la bioinformática, además de proveer los principios básicos de la misma.
PONENTE:
Unidad 1
Introducir al público en general sobre la bioinformática y su importancia en el desarrollo de las ciencias ómicas.
1. ¿Qué es la bioinformática y por qué bioinformática?
1.1 Biología para bioinformáticos.
1.2 Instalación del entorno CONDA.
Unidad 2
Desarrollar un lenguaje lógico basado en el lenguaje de programación bash.
2. Introducción a Unix.
2.1 Tu primer comando en Unix.
2.2 El comando mkdir.
2.3 Moviendonos entre carpetas Unix.
2.4 Superusuario y ayuda en bash.
2.5 Modificando archivos y directorios en bash.
2.6 Ejercicios.
Unidad 3
Conocer las principales bases de datos biologicas que utilizan los bioinformáticos, así como, los tipos de archivos usados para el analisis de datos biologico.
3. Bases de datos biologicos.
3.1 Tipos de bases biologicas.
3.2 Busqueda en bases de datos.
4.0 Tipos de formatos biologicos.
4.1 GenBank.
4.2 FASTA y FASTQC.
4.3 SAM y BED.
4.4 VCF y CRAM.
Unidad 4
Aprender a analizar grandes conjuntos de datos, de manera sencilla y práctica.
5.0 Analisis de datos con Unix.
5.1 El comando less y cat.
5.2. Editando pequeños archivos.
5.2 El Path.
5.3 Matching Lines.
5.4 Trabajando con columna.
5.5 Combinando comandos.
5.6 awk y bioawk.
6.0 Descarga masiva de datos desde NCBI.
Unidad 5
Conocer de donde provenienen los principales datos que analizan los bioinformáticos.
7.0 Secuenciación de próxima generación.
7.1 Tipos de secuenciación.
7.2 Ilumina, PacBio y Minion.
7.3 Terminología de secuenciación.
Unidad 6
Entender las bases de la bioinformática y la aplicación de los alineamientos.
8.0 Introducción a los alineamientos.
8.1 Alineamiento local vs global.
8.2 Uso de blast desde la terminal.
8.3 Tipos de alineamientos.
8.4 Tipos de software para mappeos.
8.5 Alineamientos con Diamond y Muscle.
8.6 Generación de arboles filogeneticos con clustar Omega.
